当使用安装程序sysinstall完成了系统安装和基本配置任务之后，系统需要重新启动。在系统从硬盘上重新启动之后，一个完好的freebsd系统就展现在使用者面前了。系统将出现登录提示，允许使用者登录进入freebsd操作系统。
- 系统启动过程
普通个人计算机的启动过程相当简单，首先是系统bios自检，自检之后将载入启动硬盘上的主引导区，由主引导区上的引导程序再载入具体操作系统。标准的主引导区将按照启动分区的设置，引导该分区上的操作系统，freebsd也可以使用这种方式。但更常见的引导freebsd的方式，是使用freebsd boot manager，来管理和负责引导包括freebsd在内的多个操作系统。
按照计算机启动硬盘第一个扇区的系统主引导程序的不同，计算机有不同的启动过程。freebsd最常使用freebsd boot manager，它可以让使用者在系统中共存的不同操作系统进行选择。
如果使用了boot manager用于多操作系统的引导，则系统自检后首先进入boot manager的引导界面。
f1: freebsd
f2: dos
f5: disk 2
default f1
boot manager使用计算机的功能键来启动各个分区的操作系统，使用f1将启动第一个分区wd0s1上的操作系统，f2启动wd0s2，f3对应wd0s3，等等，f5启动另一个硬盘上主引导区的引导程序。这样可以在第二个磁盘上也安装boot manager，由它来引导自己硬盘上各分区的操作系统。只有在分区的确存在的情况下，boot manager才显示相应的启动热键，并从分区的类型判断它是那种操作系统。在使用者选择了某个选项，或者经过了一定的延迟时间之后，boot manager就启动freebsd系统。
使用boot manager作多操作系统引导需要注意的是：一旦在这台计算机中重新安装dos/windows系统，则主引导区就被重写，需要重新安装bootmanager。
当不想使用boot manager引导系统，而打算回到标准引导区的方式（不再需要引导多操作系统）时，可以使用dos程序fdisk.exe来恢复主引导区的内容。也可以使用freebsd的sysinstall程序来重新安装标准主引导区。
a:> fdisk /mbr
但是，boot manager仍然使用bios调用来获得分区上的数据，由于bios只能访问硬盘1024柱面内的分区，因此freebsd的引导分区必须在1024柱面以内才能正常启动系统。新的bios中使用lba等方式对硬盘数据进行了重新映射，来避免这个问题。然而就需注意不能随意更改bios中的硬盘映射方式不可随便更改，必须与硬盘进行分区时的设置一致，否则bios就不能正确找到以前设置的分区。
无论是标准引导程序，还是freebsd boot manager，都将载入freebsd基本分区的第一个扇区，这里放置着freebsd的启动程序boot block，它将载入freebsd文件系统中的boot loader程序，不需进行任何操作，boot loader程序将引导系统内核来启动系统。但在这个过程中也可以中断自动启动进程，进入交互模式，从而更改启动内核、进行硬件设置、甚至提供了选择不同的boot loader程序的机会。
freebsd 3.1-release中更新了系统的boot loader程序，这个新boot loader程序与freebsd 2.2.x和3.0版本使用的boot loader不同，升级的原因之一是老版本的boot loader不能启动elf格式的内核,此外新版本的boot loader功能更强大。因此老版本的boot loader的行为与下面描述的不同。
通常没有必要改变boot loader，如果要更改使用的boot loader程序，就要在启动屏幕最先印出一个简单的斜线 “/” 时，在几秒时间内按下空格键，否则启动过程将略过这个步骤，直接进入下一步。如果按下空格，则系统将出现boot提示符。
/
>>freebsd/i386 boot
default: 0:wd(0,a)/boot/loader
boot:
此时输入 “?” ，可以列出对应的硬盘分区中根目录下的所有文件。这时可以在boot提示符下输入另一个boot loader程序，启动该boot loader程序，也可以直接输入某个内核文件名，从而略过boot loader而直接启动相应的内核。然而，通过boot loader能完成更多的任务，包括进行硬件资源设置。
此时也可以列出、选择不同的硬盘分区上的不同启动文件，正如之前的提示信息，0:wd(0,a)用于一个包含freebsd根文件系统的子分区，其中第一个0为硬盘控制器的序号，而wd(0,a)为硬盘分区wd0a，根据硬盘分区情况，这对应第一个ufs分区上的根文件系统。而后面可以跟随目录和文件名，以及可以使用？来列出目录下的文件，当然选择启动内核的任务可以在boot loader内部中更好的完成，一般情况下不需要进入这个阶段改变boot loader程序。
此后系统将进入boot loader程序中，由boot loader将内核/kernel和内核模块载入内存，接着boot loader就等待10秒间隔，在这个时间内可以让用户按下了除回车之外的其他任意键，进入boot loader的交互模式。
/
btx loader 1.00 btx version is 1.01
console: internal video/keyboard
bios drive a: is disk0
bios drive c: is disk1
bios drive d: is disk2
freebsd/i386 bootstrap loader, revision 0.5 638/64512kb
(wb@email.online.ha.cn, web mar 3 02:54:38 cst 1999)
/kernel text=0x1697f2 data=0x168d0+0x1f17c syms=[0x4+0x1eb70+0x4+0x2014a]
/modules/splash_bmp.ko text=0x1025 data=0xc+0x634 syms=[0x4+0x400+0x4+0x213]
hit [enter] to boot immediately, or any other key for command prompt.
booting [kernel] in 8 seconds...
type ‘?’ for a list of commands, ‘help’ for more detiled help.
disk1s3a:>
新的boot loader使用bios的硬盘表示顺序，没有区分scsi硬盘da和ide硬盘wd，而直接使用disk0、disk1、disk2按bios中的顺序表示硬盘。本例中的提示符为disk1s3a，由于本例中使用的硬盘为ide接口，因此这实际就代表wd1s3a分区。
在boot loader提示符下有很多相当有用的命令，例如使用ls命令可以列出disk1s3a中各级目录下的文件，使用lsdev可以列出当前内核中的设备驱动，使用lsmod可以列出已经载入的内核模块，使用load可以载入另外的需要载入的内核模块，使用autoboot可以在给定时间之后启动系统，而使用boot命令可以立即启动系统内核，或者使用pnpscan命令扫描当前系统中的pnp卡。一般boot命令比较常用，例如使用 “boot-s” 命令，将启动系统并进入单用户模式，在这个模式下可以执行系统维护任务。通常由于只有可以信任的管理人员才能访问控制台，因此缺省状况下进入单用户模式不需要使用口令认证。
在boot命令之后使用其他内核名字作参数，用来使用缺省内核/kernel之外的其他内核来启动系统。每个freebsd系统都至少具备一个备用的通用内核kernel.generic，在当前系统内核被破坏的情况下可以使用它来启动系统。因此在引导程序被破坏而系统完好的情况下（通常是由于重新安装了windows的原因），可以使用安装软盘或光盘启动，进入boot loader的交互模式，选择硬盘上的内核启动，然后进行修复而不需要重新安装。当在boot loader提示符下使用 “boot -c” 命令，在其后的启动过程中将进入userconfig中，用于对内核中的硬件资源参数进行配置。与系统初始安装时进入userconfig的方式不同，这将直接进入userconfig的命令行模式，内核将出现userconfig的提示符：
config>
此时可以使用help命令查询可以使用的userconfig命令，如果输入visual指令，表示使用visual方式配置系统硬件，则会进入userconfig的全屏幕界面，否则就使用这个命令行方式进行硬件参数配置。命令行模式中可以使用ls命令列出不同的设备驱动程序，使用irq、drq、iomem等命令查看硬件的相应资源设置。
命令行模式比全屏幕界面更强大的地方是能够对isa pnp设备进行控制，这是通过pnp命令进行的。当isa pnp卡由bios分配资源的时候，内核能以非pnp的驱动去探测它，这也是为何要在bios中关闭相关的pnp选项的原因。但如果在编译内核支持了pnp控制器，也可以在bios中设置为由os（即freebsd）来管理硬件资源，这就需要使用pnp命令手工为isa pnp硬件分配资源，以便非pnp的驱动能检测并正确设置资源。但是手工设置要求对pnp卡硬件相当了解，否则还是让bios来完成资源的分配更为适合。
当退出userconfig之后，或者在boot loader的交互模式下执行了boot命令，或者在boot loader提示进入交互模式的时候10秒钟内没有任何输入，则boot loader就会载入内核，并自动将控制权交给已经载入的freebsd内核程序，由内核探测计算机中的各个硬件，并将探测结果打印到屏幕上。使用键盘右上角的pause键可以暂停屏幕输出，并可以使用page up，page down键上下滚动屏幕上的信息进行查看，最后再使用一次pause键将打开屏幕输出，继续系统启动过程。内核的启动信息也可以在登录系统之后使用dmesg命令查看。
freebsd 3.0以前的freebsd版本使用的boot loader为一个较老的版本，因此提示信息与命令输入方式也略有不同，但基本实现同样的功能，旧boot loader程序的提示符直接就为 “boot:”，可以直接输入 “-s” 、 “-c” 等参数进入单用户模式或进入userconfig。启动时boot loader都会在屏幕上打印提示信息，解释了基本用法和具体参数对应的含义。
freebsd 3.1之后可以设定系统启动标志图象（如同windows9x的启动标志），那么内核的探测信息就不会显示在屏幕上，而是被这个启动图象遮住。
